中国计算机学会青年计算机科技论坛－广州分论坛

CCF Young Computer Scientists & Engineers Forum－Guangzhou Branch

CCF YOCSEF广州

于2014年11月8日（周六）14:00-17:00

在广州番禺长隆酒店206会议室（广州市番禺区迎宾路）举行

专题报告会和Club，敬请光临

报告会主题

高性能计算“工业论坛”

 

随着计算能力达到百亿亿次的艾级超级计算机从探讨进入研制阶段，全球高性能计算将从“P时代”（千万亿次）步入“E时代”（百亿亿次），如此庞大的超级计算机对超大规模并行计算应用的需求将前所未有的强烈。较之前高性能计算主要应用与科学研究的不同，目前显著趋势是高性能计算延伸到科研领域之外，正展现出强大的延展性，与金融、互联网、石油、钢铁、工业设计、文化创意等各行各业之间的交叉关联变得前所未有的紧密。同时，高性能计算与云计算、大数据之间的交叉融合趋势越发明显，成为推动全球信息产业发展的三大动力之一。

众所周知，广州目前拥有全世界最快的超级计算机天河二号，所以有句话：世界高性能计算看中国，而中国高性能计算在广州。在中国计算机学会高性能计算专业委员会的大力支持下，借这次2014年全国高性能计算学术年会在广州举行的“东风”，CCF YOCSEF广州和北京并行科技有限公司联合举办高性能计算“工业论坛”，主要就高性能计算在企业的应用进行探讨，论坛很荣幸地邀请到来自中国石油、中国石化、攀钢集团、深圳华大基因、NVIDIA公司和中国科学院深圳先进技术研究院的顶尖专家和学者介绍他们在高性能计算的应用成果，并举行圆桌会议对未来高性能计算的发展和趋势进行头脑风暴。

11月8日，让我们相聚广州番禺长隆酒店，一起来欣赏这次高性能计算的饕餮盛宴。

诚挚邀请各位同仁参加，期待您的光临！

                                    主办： CCF YOCSEF广州，北京并行科技有限公司

程序

13:30 签到

14:00  报告会

特邀讲者：张金波，高级工程师，攀钢集团研究院信息研究所数字技术研究室

演讲题目：企业分布式存储高效扩展机制

特邀讲者：赖能和，副总工，中国石油集团东方地球物理公司研究院

演讲题目：大数据对高性能计算应用的需求分析

特邀讲者：杨尚琴，主管师，中国石化石油物探技术研究院

演讲题目：MPI-3.0新特性及其应用

特邀讲者：魏彦杰，副研究员，中国科学院深圳先进技术研究院高性能计算中心

演讲题目：基于BSP图处理系统的高效并行List Ranking算法

特邀讲者：王泽寰，高性能计算开发技术工程师，NVIDIA

演讲题目：一种改进的图像连通区域标记的并行算法及其在GPU上的实现

特邀讲者：郭贵鑫，高性能计算研发工程师，深圳华大基因研究院

演讲题目：天河二号上基因组装关键算法的性能建模

演讲题目：基于GPU加速的宏基因组基因聚类方法

16:40-18:00  Panel环节

Panel讨论：待定

特邀嘉宾：待定

 

执行主席：陈健 博士 北京并行科技有限公司总经理，CCF YOCSEF总部委员

王健宗 博士 广州中国科学院先进技术研究所，CCFYOCSEF广州副主席

CCF广州执行委员，CCF大数据专家委员会委员

论坛主页：

http://hpcchina2014.csp.escience.cn/dct/page/70027

参加人员：IT领域专业人士、研究生、媒体、其他有兴趣者。

 

报名联系人：

王健宗（Email：13352878877@163.com ; Tel: 13352878877）

颜伟（Email：yanwei@paratera.com ; Tel: 18122266618）

请务必填写下附参会回执，于11月03日前回复邮件

姓名		单位名称
联系电话		Email
是否参加Club活动（11月6日20:00~24:00）
是否参加论坛活动（11月8日14:00~17:00）

温馨提示：本次活动获北京并行科技公司赞助，工业论坛前于11月6日20:00~24:00在长隆酒店附近的The Brew酒吧(华南碧桂园西门,靠近工商银行)组织Club活动，敬请参与！

本次两次活动不作交通安排，参会人员需自行前往，会议交通费和住宿费等自理，给您带来不便，请见谅。

 

特邀讲者 张金波 高级工程师

攀钢集团研究院有限公司信息研究所数字技术研究室主任，2011年聘高级工程师，中国计算机学会会员。2005年获得中华人民共和国计算机技术与软件专业技术资格（水平）系统分析师证书。2010年获评攀钢集团专家资源库成员，2013年获评鞍钢集团专家资源库成员，2013年获评攀枝花市信息化专家库成员，2013年获评攀枝花市学术和技术带头人后备人选。主持和参与的项目共获得18项软件著作权。主要研究领域为信息系统开发，系统分析与集成，信息安全，网络架构。

报告摘要:在研究文件存储基础设备与技术发展的基础上，提出一种可高效扩展的分布式存储机制，将企业中已有的服务器和存储设备作为分布式存储的存储单元，将文件作为存储对象，研究的主要内容就是建立一种高效率甚至是零等待时间的可以随时扩展或减少存储单元的分布式存储机制。企业中存在的服务器和存储设备较多时，利用该分布式存储机制后存储性能会得到较大的提升，管理人员文件管理的劳动强度将大大降低，重点的是能够帮助企业充分利旧，减少更新换代的一次性大量投入。

 

特邀讲者 赖能和 副总工

中国石油集团东方地球物理公司研究院副总工程师、处理中心总工程师,教授级高级工程师。现任中国石油集团东方地球物理公司研究院副总工程师、处理中心总工程师。获计算机软件学士学位和地球物理硕士学位。自1983年以来一直从事地震数据处理软件技术、高性能并行计算技术、存储软硬件技术以及信息化技术的研究与开发；负责完成了超过2.5万颗CPU高性能并行机系统、35PB海量存储系统的集成方案设计、软硬件资源优化和数据中心机房建设、信息化建设等工作。

报告摘要：海量数据处理工业生产，对高性能并行计算系统提出了更高要求和全新挑战。如何通过软硬件优化配置和技术改进，解决大数据处理的瓶颈？如何构建稳定+高效+简单+易用的海量存储，提高HPC的应用效率？本报告通过大量应用实例，分析大数据处理对HPC效率的影响，提出了针对性的解决方案。

 

特邀讲者 杨尚琴 主管师

CCF会员，2006年毕业于成都理工大学，2009年于成都理工大学获得计算机硕士学位。2009年加入中国石化石油物探技术研究院地球物理软件研究所。2010年获英特尔Cilk技术应用竞赛三等奖。主要研究多线程技术，MPI的特性，多层次并行及异构并行在地球物理行业上的应用。

报告摘要：回顾MPI的历史，在此基础上重点介绍MPI-3.0的3个主要新特性：邻近集合通信，非阻塞的集合操作，扩展的单边通信及其新特性的应用；最后探讨MPI面临的挑战及趋势。

 

特邀讲者 魏彦杰 博士

2011年8月加入中国科学院深圳先进技术研究院。2004年获得四川大学应用物理学学士学位，并于2007年12月获得美国密歇根理工大学计算生物物理学博士学位。2008年3月到2011年6月在美国普林斯顿大学从事博士后研究。并分别于2005年7月到8月、2006年6月到7月、2007年5月到7月在德国冯诺依曼超级计算中心访问。主要研究方向为蛋白质结构预测、生物信息学、高性能计算等。已发布学术论文20余篇，包括Proteins，Journal of Chemical Physics, Journal of Physical Chemistry B, Chemical Engnieering Sci.等著名期刊。在美国期间曾参与了美国自然科学基金（CHE-0313618），美国健康研究院（RO1-GM52032, R24-GM69736, GM628380），美国环境保护机构EPA（R 832721-010）等若干项目。

报告摘要：本报告将提出一种高效的并行 list ranking 算法，MEP-Ranking. 该算法通过在已有的 list ranking 算法中加入两个额外的新的变量”lend”和”rend”用于记录独立集的选取切换的状态，从而在空间复杂度和时间复杂度上均达到该算法复杂度下限‍

 

特邀讲者 王泽寰 高性能计算开发技术工程师

毕业于北京邮电大学，现任NVIDIA 高性能计算开发技术工程师，主要负责多媒体方向GPU计算项目的开发和技术支持。协助多家企业开发过指纹识别，入侵检测，车辆识别等多款基于GPU的产品。并且在分子动力学方向参与过大学与研究机构的多个重点项目。

报告摘要：二值图像的连通区域标记算法是很多基于GPU视频分析程序的瓶颈，快速的GPU实现有助于对此类应用程序进行加速。本报告基于”Label Equivalence”方法，提出了一种新的GPU算法。实现了2.2倍的性能提升。

 

特邀讲者 郭贵鑫 高性能计算研发工程师

毕业于华南理工大学，现任深圳华大基因研究院高性能计算研发工程师，主要从事生物信息分析软件的研发与优化，熟悉CUDA并行编程、MPI并行编程和pthread多线程编程，有较丰富的并行软件移植、调试和优化经验。

报告1摘要：完整准确的生物基因组是开展生物信息学研究的基础，而基因组组装是获取该信息的常用方法。在基因组组装的各个步骤中，对组装图的线性化步骤是计算密集型和内存访存密集型兼具的一步，时间开销非常大。本报告通过引入随机list ranking算法对线性化步骤进行并行化，大幅减少其所用时间，并对其处理过程中产生并发送的消息量进行建模，准确的预测了整个过程中消息量大小的变化情况及趋势，同时引入LogGP模型，结合消息量模型的结果，成功地实现了对通信时间开销的定性预测。

报告2摘要：宏基因组主要研究特定环境中微生物的组成及与环境因素的交互关系，如人体肠道微生物菌群的平衡对维持人体健康至关重要。宏基因组的典型任务之一是对上千个样本中包含的上百万个基因按照样本特征进行聚类分析，其计算复杂度高，耗时较长。本报告将给出如何使用GPU对聚类过程中的关键步骤进行加速，并通过对性能的逐步提升，最终在半分钟内完成原本需要十几小时的聚类分析。

 

执行主席 陈健 北京并行科技有限公司CEO

陈健现任北京并行科技有限公司CEO，并行科技主营业务数据中心在线运维及相关HPC软件服务，并行科技是Intel软件中国区总代理。2005年至2010年在英特尔中国历任高性能计算架构师、资深性能优化工程师，负责中国大型HPC及前沿HPC项目系统架构设计、HPC系统的优化及高性能计算技术推广，研究方向为高性能计算机系统架构、并行计算、应用软件及系统调优。2002年至2005年任联想集团高性能服务器事业部方案处经理，参与了联想深腾万亿次、四万亿次超级计算机的研制。2002年毕业于清华大学工程力学系，获流体力学博士学位，期间在荷兰TUDelft大学做访问学者一年。

 

执行主席 王健宗 博士

博士，CCF YOCSEF广州副主席，CCF广州执委，CCF大数据专家委员会委员。主要研究方向有大数据、云计算、存储系统、深度学习、软件定义生态系统，在相关领域发表学术论文20多篇，曾担任网易公司大数据高级研究员、惠普公司云计算高级解决方案专家和美国莱斯大学电子与计算工程系研究员，获得 IEEENAS 2012最佳论文奖，2009年度国家留学基金委公派留学奖学金获得者。

 

会场方位图

广州番禺长隆酒店

Club活动地点